Desde las primeras décadas de vida del México independiente se proyectó fundar una institución que agrupara a los estudiosos de la historia, dado el interés que esta disciplina tenía en el contexto de construcción del país. El 23 de marzo de 1835 el gobierno de la República decretó la fundación de la primera Academia de la Historia, integrada por distinguidos intelectuales; sin embargo, los vaivenes políticos impidieron que prosperara dicha iniciativa, hecho que derivó en nuevos intentos de creación.
La consolidación de la soberanía en 1867 permitió emprender los proyectos educativos que la inestabilidad y las amenazas externas habían obstaculizado. Así, en la década de 1870, en casi toda Hispanoamérica se había conquistado cierta estabilidad política que permitía emprender tareas que habían quedado inconclusas o que no se habían consolidado. Es por ello que apareció un movimiento de la mayoría de los países hispanoamericanos para instituir academias de la lengua, correspondientes de la Real de Madrid, del cual resultaría la fundación de la Academia Mexicana de la Lengua en 1875.
Pero los estudiosos del pasado no repararon en intentos e iniciativas y así llegó el año de 1913, uno convulso pero que permitió un segundo intento de creación de una Academia de Historia. Empero, nuevamente los conflictos políticos impidieron la concreción de la propuesta. Entonces, en 1919, finalmente se logró la fundación, impulsada por destacados historiadores, todos ellos miembros correspondientes de la Real de Madrid. El acta de instalación se fechó el 12 de septiembre de 1919 y así comenzó la vida de la institución. Como apuntaría don Manuel Romero de Terreros, uno de los miembros fundadores, la marcha de la Academia no dejó de tener sus tropiezos, retos que se fueron sorteando gracias a la colaboración de sus académicos. Desde luego estaba el problema de no tener sede, ni fuentes permanentes de financiamiento, obstáculos importantes para consolidar su tarea, la de contribuir al conocimiento y divulgación de los estudios históricos.
El problema de la sede se iba a solucionar, en 1952, gracias a la colaboración del académico fundador y director de la Academia, don Atanasio G. Saravia, quien era funcionario del Banco Nacional de México y logró que esa institución proporcionara el financiamiento para construir el actual edificio que ocupa la Academia. El Banco también donó la soberbia portada de un palacio colonial "que ornaba la antigua calle de Capuchinas". El 9 de diciembre de 1953, en ceremonia solemne, la Academia inauguró el recinto de la Plaza Carlos Pacheco.
Conseguir medios permanentes para sobrevivir ha sido un reto permanente. En los primeros tiempos la Academia pudo vivir gracias a diversos "patronos y benefactores que le aportaron un modesto patrimonio", utilizado para publicar las Memorias de la Academia Mexicana de la Historia, que aparecieron con gran puntualidad desde 1942. Empero, los recursos eran insuficientes, fue entonces que gracias a la amistad del académico, y tesorero de la Academia, don Arturo Arnaiz Freg con don Jaime Torres Bodet que se consiguió el apoyo de la Secretaría de Educación Pública, institución que apoyó con cierta regularidad, a la institución hasta el año de 2014.
El manejo austero del ínfimo patrimonio con que contaba la Academia se utilizó con gran responsabilidad y durante la gestión de don Edmundo O'Gorman se llevó a cabo el gran proyecto de renovación de los interiores de su edificio, con lo cual la sala de juntas y el auditorio adquirieron una apariencia acorde con la dignidad de su ilustre fachada. La Academia contó con 24 sillas de número hasta el año de 1990 en que en Junta extraordinaria se decidió aumentarlas a 30, ocho foráneas y 22 metropolitanas. Es importante mencionar que por una reforma del año 2014, el número de sillones destinados a historiadores avecindados en el interior del país aumentó al de 10. Los sillones han sido ocupados por destacados historiadores de todas las corrientes historiográficas, abarcando así desde la historia Antigua hasta la Moderna y Contemporánea. Aunque algunos importantes exponentes de la historiografía del siglo XX nunca llegaron a ser miembros de la institución y algunos de los elegidos resultan no ser tan representativos, sin duda la mayoría de los académicos de número han tenido y tienen un lugar destacado en el gremio.
En la actualidad, la Academia reúne a destacados exponentes de la historia política, eclesiástica, social, institucional, económica y del arte, incluyendo los enfoques antropológico y arqueológico. Sus épocas estudio incluyen la historia prehispánica, colonial, del siglo XIX, de la Revolución y la contemporánea.
Hoy día la Academia está dirigida por el doctor Javier Garciadiego Dantan, especialista en historia de la Revolución mexicana. Funge como secretario el doctor Rodrigo Martínez Baracs, especialista en historiografía lingüística y bibliográfica. La censora es la doctora Gisela von Wobeser, quien se ha dedicado a la historia económica, social y de la religiosidad de la Nueva España y el tesorero es el doctor Mario Humberto Ruz, especialista en historia colonial y la lingüística histórica. Los demás miembros que conforman actualmente la Academia, todos distinguidos historiadores, con una numerosa producción historiográfica son: Ignacio Almada Bay, Felipe Castro Gutiérrez, Manuel Ceballos Ramírez, Mario Cerutti, Virginia García Acosta, René García Castro, Antonio García de León, Mercedes de la Garza y Camino, Virginia Guedea, Carlos Herrejón Peredo, Ana Carolina Ibarra González, Carlos Illades Aguiar, Enrique Krauze, Andrés Lira González, Leonardo López Luján, Óscar Mazín, Eduardo Matos Moctezuma, Jean Meyer, David Piñera Ramírez, Sergio Quezada, Aurelio de los Reyes, Rafael Rojas Gutiérrez, Antonio Rubial, José Antonio Serrano Ortega, Elisa Speckman Guerra y Josefina Zoraida Vázquez.